円形脱毛症をはじめとする脱毛症と甲状腺疾患には、主に「自己免疫反応」と「ホルモンバランス（内分泌系）」の2つの側面から深い関係があります。
円形脱毛症の患者さんの約16～25%に何らかの自己免疫疾患が合併しているという報告があります。そのなかでも、慢性甲状腺炎であ「橋本病」や「バセドウ病」といった、甲状腺の自己免疫疾患は特に合併率が高いとされています。
脱毛症が起きている場合、背景にこうした甲状腺の病気が隠れている可能性を考慮する必要があります。
毛包の成長サイクルへの影響（ホルモンの観点） 甲状腺疾患によってホルモンを分泌する内分泌系（ホルモン系）に異常が生じると、髪の毛の発育に悪影響を及ぼします。
ホルモンは全身のさまざまな機能を調節する役割を担っていますが、髪の毛が生まれ変わる「毛包の成長サイクル」にも直接的な影響を与えるため、ホルモンバランスの乱れが脱毛を引き起こす要因になります。
このように、甲状腺疾患は免疫の誤作動とホルモン異常の両面から脱毛症と密接に関わっています。そのため、もし脱毛症が何年も長引くようであれば、専門の医療機関で甲状腺機能検査や自己免疫関連検査などを受けてみることも必要とされています。