円形脱毛症の根本原因は、本来は体外からの敵を攻撃するはずの免疫システム（Tリンパ球など）が誤作動を起こし、自分の髪の毛の元となる「毛包（毛根）」を攻撃して破壊してしまうことです（自己免疫疾患）
人間の体には、ウイルスや細菌などの外来物から体を守るための「免疫システム」が備わっています。
しかしそれが異常をきたした場合、免疫が誤って自分自身の正常な組織を攻撃してしまうことで、アレルギー反応や様々な病気が引き起こされます。
免疫は本来、細菌やウイルスなどの外来物（「非自己」）の侵入から体を守るために自動的に働く防御システムです。
しかし、この守るべきシステムにおいて、本来味方であるはずの「自分自身」を敵か味方か判別できなくなり、見境なく攻撃してしまうことがあります。
このように、免疫系が本来の働きをせず、自分自身の正常な細胞や組織に対して過剰に反応して攻撃を加えてしまうことで異常を来すのが「自己免疫疾患」のメカニズムです。
この免疫の異常によって引き起こされる「自己免疫疾患」は、大きく二つの種類に分類され、全身に影響が及ぶ「全身性自己免疫疾患」と、特定の部位に現れる「臓器特異的疾患」が存在します。
全身性自己免疫疾患・・・ 膠原病（関節リウマチや全身性エリテマトーデスなど）、多発性筋炎、多発性血管炎など、全身に影響が及ぶ疾患です
臓器特異的疾患・・・ 自己免疫性溶血性貧血、潰瘍性大腸炎、バセドウ病、橋本病、若年性1型糖尿病、自己免疫性肝炎など、特定の臓器だけが影響を受ける疾患です
このように、体を守るはずの免疫機構が「自己」を敵と見なして過剰な攻撃を行ってしまうことで、様々な症状や病気が引き起こされます
では、アレルギー反応と自己免疫疾患の違いは何でしょう？
「アレルギー反応」と「自己免疫疾患」は、どちらも本来は体を守るための免疫システムが、結果として自分自身に有害に作用してしまう点で共通していますが、その攻撃の向けられ方に違いがあります。
アレルギー反応・・・免疫系の自分を守るはずの働きが、結果的に自分自身に有害に作用してしまう反応のことです。
具体的には、小麦粉や卵などを食べたときに発症する蕁麻疹や、アレルギー性鼻炎などが挙げられます。
自己免疫疾患（自己アレルギー）・・・このアレルギー反応において、本来味方であるはずの自分自身を敵か味方か判別できなくなり、見境なく攻撃してしまう状態を指します。
異物を排除するための免疫系が本来の働きをせず、自分自身の正常な細胞や組織に対してまで過剰に反応し、攻撃を加えてしまうことで病気が引き起こされます。
つまり、免疫が有害に作用するプロセスのうち、「自分自身の細胞や組織（自己）」を敵と見誤って直接攻撃を加えてしまう特別なケースが自己免疫疾患です。