腸内環境の悪化やグルテン不耐症も免疫反応を介して、髪の状態に影響を及ぼすとされています。そのため症状が長期化する場合には、血液検査などを通じて全身の健康状態を包括的に確認することが推奨されています。
腸内細菌叢（腸内フローラ）のバランスが乱れると、自己免疫疾患のリスクを高めると言われています。
脱毛症は、免疫細胞の誤作動によって毛包が傷つく自己免疫疾患の一つであるため、腸内環境の乱れが脱毛症に影響を与える可能性があります。
また、小麦などに含まれるグルテンに対する免疫反応によって小腸の粘膜が傷つき、栄養素の吸収障害が起こる「セリアック病（グルテン不耐症）」も関係しています。
これについては、グルテンフリーの食事に変えることで脱毛症が改善したという事例も報告されています。
さらに、こうした消化器系の問題によって栄養の吸収障害が起きると、髪の毛の主成分であるタンパク質（ケラチン）などの不足を招き、毛の成長が止まって脱毛が増加する原因にもなります。